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El jugador Jonathan Lara salió de la institución tras haber sido suspendido dos años por dar positivo para dopaje luego del partido que el equipo disputó contra Depor Fútbol Club en camisetas futbol Cali. El jugador neerlandés, posteriormente entrenador, que fue la estrella de los equipos de Rinus Michels, explotó esta fórmula convirtiéndola en la filosofía imperante todavía hoy en el club barcelonés y que fue perfeccionada por los métodos de Luis Aragonés, Pep Guardiola o Vicente del Bosque, entre otros. Entonces se organiza un triangular en la ciudad de Cartagena de Indias en diciembre de 2001 junto con los equipos Cúcuta Deportivo y el Unión Magdalena ocupando el Atlético Bucaramanga el segundo puesto sin anotar un solo gol. En sus inicios la competición no tenía un sistema claro de participación variando el número de equipos que disputaban el torneo y produciéndose situaciones curiosas como el hecho que equipos como el «Universitari» no disputase algunos partidos porque sus jugadores tenían que estudiar para los exámenes. El equipo debió disputar dos partidos del Torneo Postobón y otro de Copa Postobón a puerta cerrada en la cancha de Comfenalco mientras se definía la sede en la cual afrontaría el resto del campeonato.
La cancha sintética tuvo un costo de mil 200 millones de pesos y se logró luego de un trabajo de cinco meses, tiempo en el que el equipo Leopardo debió jugar en Barrancabermeja. En 2006, el 16 de diciembre, se inauguró la nueva cancha sintética del Estadio Alfonso López y para ello se organizó un partido amistoso con el Club Olimpia de Paraguay. 1930: El Unión Club se proclama campeón de la Serie B del Campeonato Regional de Cantabria. En cuartos de final enfrentó a Unión Magdalena perdiendo 1-2 como visitante y ganando 1-0 el segundo partido en el Estadio Alfonso López. En cuartos de final Uruguay se enfrentó a la selección francesa, que venía de dejar fuera del campeonato a Argentina. Acordar y firmar el nuevo contrato del cuerpo técnico de la Selección Uruguaya de Fútbol. Deportivo Pasto, Bogotá F. C. y Patriotas Boyacá y hubo un escándalo por presunto soborno en el que se vieron implicados el técnico Barrios y los jugadores Daniel Murillo y Fernando Batiste quienes fueron sancionados por la Dimayor.
José Herrera y Andrés Sarmiento por ser los de mejor rendimiento en la temporada 2010, así como Deybi Rodríguez y Julián Vargas quienes permanecieron por solicitud de Fernando Velasco. El inicio irregular con varias derrotas en las primeras fechas que ubicaron al equipo por fuera de los ocho clasificados llevó en la séptima fecha a la salida del director técnico Bernardo Redín quien fue reemplazado por José Manuel «Willy» Rodríguez mejorando notablemente el rendimiento en el torneo, pero solo hasta la fecha quince pudo volver a entrar transitoriamente al grupo de clasificados. En el primer semestre de 2013, el técnico Miguel Augusto Prince mantuvo a los jugadores de mejor rendimiento durante 2012: James Aguirre, Raúl Cuesta, Juan Daniel Murillo, Jonathan Segura, Sergio Manosalva, Hernán Andrés Sarmiento, Yeison Chacón, Cristian Correa, Jonathan Lara, Elkin Barrera, Fabián Yantorno, José Largacha y vinculó a Aníbal Mosquera, Carlos Daniel Hidalgo, Yesid Martínez, Carlos Chávez, Armando Carrillo, Luis Yánez y el paraguayo Osvaldo Mendoza, quien fue despedido por bajo rendimiento a mitad de torneo.
Para el primer semestre de 2002 se armó una plantilla competitiva con jugadores como Orlando Maturana, Juan Carlos Henao, Wilson Carpintero, Hernán Andrés Sarmiento, Luis Moreno, Ancízar Valencia y el equipo estuvo a punto de jugar la final, quedándose fuera de esa instancia a último momento al perder un partido decisivo 1-2 contra el Deportivo Cali en el Estadio Alfonso López. El equipo realizó esta vez una campaña aceptable en la fase de clasificación logrando su cupo para las finales con dos fechas de anticipación, pero en los cuadrangulares finales en los que enfrentó a Cortuluá, camisetas baratas futbol Jaguares y Rionegro terminó último con seis puntos. Para el segundo semestre había salido Miguel Augusto Prince y su reemplazo fue la dupla Upegui-Reyes que obtuvo resultados desastrosos en las primeras cuatro fechas del torneo; por lo que posteriormente llegó Eduardo Retat quien intentó pelear nuevamente por no descender y pudo evitar jugar el partido de Serie de Promoción, al conseguir una victoria en su último partido de la temporada dejando al Deportivo Pereira ese puesto. Al fin, después de grandes trabajos, fue inaugurado el primer Estadio de Lasesarre una tarde de magnífico sol y de animación extraordinaria.