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Con 23 años y 364 días, camisetas fútbol Franco se convirtió en el presidente más joven del fútbol español. El presidente le encomienda que haga una plantilla competitiva pero con poco presupuesto, ya que la política austera del presidente desde que tomó el mando del club, hace que para la confección de la plantilla destine un porcentaje muy pequeño del presupuesto anual total, siendo este uno de los más altos de toda la Segunda División B, con el fin a largo plazo de ir reduciendo la pequeña deuda que arrastra el club desde hace años. A su vez, el Burgos Club de Fútbol y el Club Deportivo Nuestra Señora de Belén firmaron un acuerdo para crear el primer equipo femenino, que a partir de la temporada 2020 militaría en la Segunda División del Fútbol Femenino. Ante un inicio irregular de temporada el equipo empieza adaptarse a la categoría y los jugadores al sistema del entrenador, logrando encaramarse y ante la sorpresa de todos a las primeras posiciones de la tabla con un buen juego y gracias también a la explosión del delantero cedido por el Andorra FC Berto que con su potencia y goles se convierte en el nuevo ídolo de la afición.
En esta ocasión, juegan dos partidos amistosos: contra el FC Nantes el 9 de octubre en La Roche-sur-Yon y contra la selección del Congo en Le Mans, ambos partidos terminaron empatados sin goles. Sin embargo, fueron eliminados en la primera ronda de la Copa América 1987 tras una vergonzosa derrota por 4-0 ante la Selección de fútbol de Chile. Se conforma una plantilla para estar en los puestos altos de la clasificación, pero el comienzo no puede ser más nefasto y el equipo consigue 1 punto en 6 partidos disputados, además de ser eliminado en la primera ronda de la Copa del Rey a manos del Caudal Deportivo. Tras un buen inicio de liga, llegando a ser líder del grupo II de Segunda División B, el equipo comienza a perder posiciones. Tras un verano convulso, en el que se produjo la salida de varios pesos pesados del equipo, la entidad confió el nuevo proyecto a Iván Ania, con el objetivo de mejorar la imagen dada por el equipo en los últimos meses y en luchar por el ascenso a la Segunda División.
El equipo abandona la zona de descenso pero un mal final de liga hace que acabe en el puesto 16.º, teniendo que jugar el play-out de descenso a la Tercera División. En la temporada 2016/17, el club sigue militando en el grupo I de Segunda División B. El entrenador para dirigir el proyecto es el mismo que acabó la temporada anterior, Ángel Viadero. Para ello, el Burgos apostó por el madrileño Julián Calero como entrenador. En la era de los Caselli se relanzó la Fundación Burgos Club de Fútbol, a cargo de Julián Alonso y Candela Blanco. El exfutbolista de talla internacional Miguel Pérez Cuesta, Michu, fue contratado como director deportivo después que la familia Caselli perdiera la confianza en el argentino César Traversone, camisetas de futbol baratas 2024 también cesado de sus funciones. En diciembre del 2018 a través de la Junta general de accionista asume Jesús Martínez Nogal como presidente de la institución hasta diciembre de 2019. El 2 de diciembre, la Junta General de Accionistas del Burgos CF nombró presidente a Franco Caselli de manera unánime.
Hasta la edición de 2019 fue organizada por la Liga Nacional de Fútbol Sala. Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. La temporada 2015/16, el equipo es dirigido por Ángel Viadero, que hace las veces tanto de entrenador como de director deportivo. Durante la campaña 2003-04 el España de Cueto sacó un equipo filial en Primera Regional, el CA España de Cueto B, que se clasificó en el puesto 12º del grupo A; la temporada 2004-05 el filial ya no compitió. Pese a la ilusión generada en torno al renovado proyecto blanquinegro, los resultados no terminaron de llegar en el inicio de la campaña 19/20. El técnico Fernando Estévez, artífice de la salvación durante la anterior campaña, fue destituido y su lugar en el banquillo lo ocupó José María Salmerón. A ellas se presentaron Angélica Basurto y José Luis García con dos candidaturas bastante similares respecto a objetivos (profesionalización del club, conversión en S.A.D., ascenso a Segunda División, fundación para potenciar la cantera, creación de una ciudad deportiva, etc.) pero, entre las cuales, la de José Luis García destacaba por la experiencia y la capacidad económica de los directivos que llevaba junto a él.